El programa de Magíster en Ciencias de la Ingeniería tiene por objetivo iniciar en la formación en investigación en ciencias y tecnologías a profesionales para capacitarlos en la resolución de problemas de relevancia en alguna de las líneas de investigación que desarrollan los académicos del programa. Sus egresados son capaces de ejecutar  actividades relacionadas a investigación en los ámbitos de la Ingeniería, incluso su realización, gestión y supervisión, tanto en el ambiente académico como industrial privado y público. Poseen las capacidades para desarrollarse  profesionalmente en la industria, continuar sus estudios en un doctorado, o generar emprendimientos independientes, creando empresas de carácter tecnológico e innovador.

El perfil de egreso del Programa considera que los egresados esten capacitados para analizar problemas de transporte y logística en diversos ámbitos, modelar situaciones complejas y proponer soluciones innovadoras, que los faculten para desempeñarse exitosamente en empresas e instituciones públicas y privadas, incluyendo el ámbito académico y de investigación. También se espera que potencien su espíritu emprendedor y sean capaces de desarrollar metodologías, herramientas y procesos novedosos en los ámbitos de su competencia. 

El Programa proporciona al estudiante conocimientos avanzados en el área de Ingeniería de Transporte y Logística, a través de la aprobación de un conjunto de cursos de especialización en la disciplina, acordado con su supervisor de tesis, y el desarrollo de una investigación que demuestre su conocimiento sobre el estado del arte en la disciplina.